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Multi-omics Studies of Extracellular Vesicles

首页 > 外泌体组学 > PBA单囊泡膜蛋白质组学
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单囊泡膜蛋白组学项目周期是

单囊泡膜蛋白组学项目周期因样本数而异：样本数量＞16个周期是35个工作日；样本数量＜16个需凑样检测，凑样周期一般在周内。

单囊泡膜蛋白组学项目交付内容有

恩泽较交付客户的内容包括：分析结果文件和结题报告。不包括测序的原始数据，发表文章时无须提交原始数据，因为测序针对的是自主合成设计的序列。

普通蛋白组和膜蛋白有必要一起做吗？

依据具体需求而定，非靶向的蛋白组学包含膜蛋白信息，但是会缺失低丰度的膜蛋白且膜蛋白检出有限。如果非常关注某些膜蛋白，PBA检测列表中也有，可以普通组学和单外泌体联合分析。二者联合主要达到相互补充提高蛋白检出的完整性，根据EV亚群marker蛋白的表达水平和bulk蛋白的表达水平，预测EV亚群负载的功能蛋白。或者将PBA检测结果和质谱检测结果进行联合构建诊断模型。

如何确保检测的是单囊泡？

a.通过控制外泌体等囊泡的上样浓度来控制多外泌体的概率
b.通过控制捕获囊泡的芯片点阵密度（通过扫描电镜观察PBA芯片上捕获的囊泡时，很少看到多囊泡，如DOI: 10.34133/research.0041）
当然，如果上机时囊泡已经发生聚团，无法避免会测到该聚团，也就不是单囊泡水平检测了，因此需要注意分离的囊泡的聚团情况。

PBA如何发现和验证标志物：

a.标志物发现阶段，建议采用大样本直接采用PBA-260进行检测，数据分发现队列和验证队列进行标志物性能验证，具体可以参考PBA助力结直肠癌EV早筛标志物研究的思路（DOI: 10.34133/research.0041）
b.后期大样本/多中心验证标志物，可以采用少量样本直接血浆检测膜蛋白标志物，判断是否可以免分离直接检测标志物，如果效果好，即采用免分离外泌体的方法进行验证；
其他验证技术可以选择：纳米流式、免疫-PCR、免疫磁珠分选检测等低通量靶向检测技术。具体可以参考免疫PCR助力肝癌EV早筛标志物研究的思路（doi: 10.1002/hep.32692）

单囊泡膜蛋白组学研究的意义

a.解析外泌体异质性。分析外泌体亚群及亚群丰度与疾病的关系，找寻核心亚群，发现标志物或关键分子。
b.检出灵敏度高，有利于检出低丰度蛋白，和发现低丰度亚群，有利于早筛标志物的发现。
c.膜蛋白临床价值大。膜蛋白占基因1/4，是信号传导关键，可以解析微环境中的细胞通讯；占药物靶点60%以上。
c.外泌体亚群进行溯源。膜蛋白富含CD marker,具有溯源的潜能性，解析核心外泌体亚群来源细胞/组织，链接临床标志物和机制研究。
d.微量检测易于转化。样本需求量少，膜蛋白具有免分离直接检测的潜能性，检测方式多样，易于临床直接转化。
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