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外泌体组学研究

Multi-omics Studies of Extracellular Vesicles

首页 > 外泌体组学 > 单细胞+组织EV微环境研究方案

单细胞转录组测序联合组织外泌体,组织外泌体测什么内含物/什么组学比较合适?

从与单细胞转录组测序(polyA+捕获,mRNA为主)结合的角度上,长链RNA测序的数据(含mRNA)最匹配;其次是蛋白,蛋白质组问题在于转录后调控导致RNA和蛋白表达不一定一致,我们优先考虑RNA和蛋白表达一致的情况;最后是miRNA和lncRNA与单细胞转录组的联合分析,ncRNA主要通过靶向关系或ceRNA调控角度推测基于EV的传递。

单细胞+组织外泌体都可以解释什么科学问题,为什么推荐做单细胞+组织外泌体

1、 微环境细胞亚群及EV特征解析
单细胞转录组可以解析组织微环境中精细的细胞群及细胞亚群表达图谱——找到关键细胞亚群,组织外泌体可以解析组织微环境中微量的外泌体表达图谱——找到关键外泌体分子,二者结合全面解析微环境中细胞与细胞外囊泡EV特征;
2、 微环境中细胞亚群间EV通讯
单细胞转录组和组织外泌体联合,可通过生信分析的方法推断组织外泌体及外泌体关键分子的细胞类型/亚群溯源,从而绘制微环境中细胞群/亚群间EV通讯网络及可能机制;
3、 微环境中细胞亚群互作图谱
一方面根据细胞亚群间配体受体通讯情况揭示微环境中细胞亚群间配体受体通讯,一方面结合组织外泌体得到细胞亚群间外泌体通讯,全面揭示特定组织微环境中细胞亚群间互作图谱,为揭示特定疾病致病机制提供细胞层面和外泌体通讯基础。
同一份组织同时开展2个组学,充分利用组织标本,节省组织外泌体前处理费用,多组学及联合分析提升研究深度和层次。

单细胞结合组织外泌体入组样本数量如何推荐?

与常规做测序的推荐一致,临床样本异质性强,推荐5-10例/组,考虑经费的话,可以调整到3-8例/组;
动物模型一般5-8例/组左右;
如果文章预期比较低的话,根据自身经费条件选择合适的例数。

单细胞结合组织外泌体需要的样本量,不够怎么处理?包括临床组织、动物模型组织分别如何处理?

一般情况下,要求黄豆粒大小(200mg左右),请参考《外泌体组学研究送样指导》文档。
不管是临床还是动物模型组织标本,如果样本比较少,可以考虑混样。做几个混样的单细胞转录组和组织外泌体测序。

如果不能一次收齐所需要的量进行混样,则只能考虑液氮冻存凑够后送到实验室提核处理,单细胞核转录组测序snRNA-seq比普通的scRNA-seq具有一定的风险,我们会进行相应核的质控尽量规避风险,但无法保证0风险请知悉,尤其是冻存半年以上的样本。将组织一分为二一半进行组织外泌体组学,一半进行单细胞核转录组测序。

动物模型组织标本可操作性更强,冰上处理,可以一批多做些,多个标本混样,放到美天旎保存液中,闪送或寄送到实验室进行组织解离,同时开展单细胞和组织外泌体测序。
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